調(diào)整編制體制，提升快速反應(yīng)能力
冷戰(zhàn)結(jié)束后，來自蘇聯(lián)的威脅消失，日本面臨的安全威脅轉(zhuǎn)為“新型威脅和多種事態(tài)”。日本開始推進(jìn)自衛(wèi)隊(duì)改革，調(diào)整陸上自衛(wèi)隊(duì)編制體制，目標(biāo)是構(gòu)建一支“多能、靈活、有效”的防衛(wèi)力量。對陸上自衛(wèi)隊(duì)的“瘦身”首當(dāng)其沖，重點(diǎn)是壓縮部隊(duì)規(guī)模，減少重型裝備，使部隊(duì)由傳統(tǒng)的重裝型向靈活機(jī)動(dòng)型轉(zhuǎn)變。
從1996年開始，日本開始改革冷戰(zhàn)時(shí)期確立的陸上自衛(wèi)隊(duì)“13師2混成旅”編制進(jìn)行改革，并于2009年度完成并確立“9師6旅”的編制，形成由政經(jīng)中樞、沿岸部署、戰(zhàn)略機(jī)動(dòng)等多種類型師、旅組成的陸上自衛(wèi)隊(duì)。
2006年度末，日本在朝霞基地新編中央快反集團(tuán)。該集團(tuán)由日本防衛(wèi)大臣直接管轄，是一支具有戰(zhàn)略預(yù)備隊(duì)性質(zhì)的快速反應(yīng)部隊(duì)，總兵力約4500人。中央快速反應(yīng)部隊(duì)有“自衛(wèi)隊(duì)味精”的綽號，因?yàn)樗狭岁懮献孕l(wèi)隊(duì)幾乎所有能第一時(shí)間出動(dòng)的精干力量。
后來又經(jīng)過幾次整編，至2013年度末，陸上自衛(wèi)隊(duì)形成了8個(gè)普通師、1個(gè)機(jī)動(dòng)裝甲師、6個(gè)旅、5個(gè)混成旅和中央快反集團(tuán)的編制。其中，中央快反集團(tuán)和1個(gè)裝甲師為機(jī)動(dòng)作戰(zhàn)部隊(duì)，其余8個(gè)師和6個(gè)旅為平時(shí)固定部署部隊(duì)。
2013年的新防衛(wèi)計(jì)劃大綱提出，日本將在陸上自衛(wèi)隊(duì)中設(shè)置新的司令部——“陸上總隊(duì)”，以統(tǒng)領(lǐng)陸上自衛(wèi)隊(duì)北部、東北、東部、中部、西部五個(gè)方面隊(duì)（相當(dāng)于軍區(qū)），屆時(shí)“中央快反集團(tuán)”將撤編，轉(zhuǎn)隸至“陸上總隊(duì)”。同時(shí)對目前的兵力結(jié)構(gòu)進(jìn)行調(diào)整，形成由3個(gè)機(jī)動(dòng)師、4個(gè)機(jī)動(dòng)旅、1個(gè)裝甲師、1個(gè)空降旅、1個(gè)直升機(jī)旅和1個(gè)水陸兩棲機(jī)動(dòng)旅組成的“機(jī)動(dòng)作戰(zhàn)部隊(duì)”，其余5個(gè)師和2個(gè)旅作為平時(shí)固定部署部隊(duì)。其特點(diǎn)是加強(qiáng)機(jī)動(dòng)作戰(zhàn)力量，同時(shí)保持和軍區(qū)的地域守備力量，形成地域守備和機(jī)動(dòng)應(yīng)變的雙型部隊(duì)配置。目前，這項(xiàng)改革尚在進(jìn)行中。
建立聯(lián)合作戰(zhàn)體制，與美軍無縫對接
美國、俄羅斯等國家在軍事轉(zhuǎn)型中相繼建立了聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制。日本作為美國的重要盟友，在指揮體制上也追隨美國，逐步建立起既適合本國國情，又方便與美軍對接的聯(lián)合作戰(zhàn)體制。
日本于2006年3月27日正式成立聯(lián)合參謀部，同時(shí)撤銷參聯(lián)會(huì)，建立起以聯(lián)合參謀部為核心的聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制，把原來各軍種參謀長的作戰(zhàn)指揮權(quán)統(tǒng)一收歸到聯(lián)合參謀長手中，各軍種參謀長被剝奪作戰(zhàn)指揮權(quán)，由聯(lián)合參謀長指定聯(lián)合任務(wù)部隊(duì)指揮官對部隊(duì)實(shí)施統(tǒng)一指揮。各軍種參謀長退出指揮鏈后，專門負(fù)責(zé)本軍種的建設(shè)、訓(xùn)練、人事和管理等工作，成為“力量的提供者”，而聯(lián)合參謀長成為“力量的使用者”，從而建立起軍政軍令分開的一元化指揮體制。聯(lián)合參謀長直接向首相負(fù)責(zé)。
日本自衛(wèi)隊(duì)新的聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制鏈條為“聯(lián)合參謀長—聯(lián)合任務(wù)部隊(duì)司令（各方面隊(duì)司令或中央快反集團(tuán)司令、聯(lián)合艦隊(duì)司令、航空總隊(duì)司令或未來的陸上總隊(duì)司令等）—聯(lián)合任務(wù)部隊(duì)”三級指揮體制。
特別需要注意的是，作為美國在亞洲最重要的盟友，日本的聯(lián)合指揮體制還要和美軍對接，便于實(shí)施高效的聯(lián)合作戰(zhàn)。2012年3月，日本航空自衛(wèi)隊(duì)航空總隊(duì)司令部遷入駐日美空軍司令部橫田基地，同時(shí)在橫田基地設(shè)立“日美聯(lián)合作戰(zhàn)協(xié)調(diào)所”。2013年3月，陸上自衛(wèi)隊(duì)中央快反集團(tuán)司令部從朝霞駐地遷入駐日美軍陸軍第1軍司令部的座間兵營（神奈川縣），另外，海上自衛(wèi)隊(duì)與駐日美海軍第7艦隊(duì)同在橫須賀基地。因而，日本陸海空主要司令部與美軍太平洋戰(zhàn)區(qū)三軍戰(zhàn)術(shù)司令部已經(jīng)實(shí)現(xiàn)整合，自衛(wèi)隊(duì)的三級指揮體制與美軍的三級指揮體制分別對應(yīng)，戰(zhàn)時(shí)可實(shí)現(xiàn)指揮鏈的“無縫對接”：日聯(lián)合參謀長對應(yīng)美太平洋總部或中央總部等戰(zhàn)區(qū)司令；日各軍區(qū)司令或中央快反集團(tuán)司令（或未來的陸上總隊(duì)司令）對應(yīng)美陸軍第1軍司令，日海上自衛(wèi)隊(duì)聯(lián)合艦隊(duì)司令對應(yīng)美第7艦隊(duì)司令，日航空總隊(duì)司令對應(yīng)美駐日空軍司令；日聯(lián)合任務(wù)部隊(duì)對應(yīng)美聯(lián)合特遣部隊(duì)。