2009年9月，北京市人大常委會在審議北京市政府推動高新技術(shù)在經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展中應(yīng)用情況報(bào)告時(shí)，建議市政府研究建立由北京市和國家有關(guān)部門共同組成的首都科技創(chuàng)新協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)。
為落實(shí)市委、市政府主要領(lǐng)導(dǎo)指示精神和市人大常委會審議意見， 北京市科委會同相關(guān)部門經(jīng)過深入的調(diào)研、討論，積極探索建立首都科技創(chuàng)新協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)，謀劃擬先期建設(shè)一個(gè)研究咨詢機(jī)構(gòu)，提出了由北京市和中央單位聯(lián)合共建“首都科技發(fā)展戰(zhàn)略研究院”的籌建方案。
2010年9月，籌建工作正式啟動。2011年8月10日，首科院正式揭牌成立。
首科院由科學(xué)技術(shù)部、中國科學(xué)院、中國工程院和北京市人民政府發(fā)起，北京市科學(xué)技術(shù)委員會為秘書長單位，北京市科學(xué)技術(shù)委員會、北京師范大學(xué)和北京市科學(xué)技術(shù)研究院共同承建，首屆理事單位32家。
在市科委的組織協(xié)調(diào)下，首科院建立了工作機(jī)制、搭建組織架構(gòu)，整合智力資源、開展重大研究，不斷完善服務(wù)和利用首都科技智力資源的體制機(jī)制。一些科技管理界人士評價(jià)說，這本身就是深化科技體制改革的產(chǎn)物。
定位“高端智囊”，創(chuàng)新體制機(jī)制
首科院的主要任務(wù)是，以事關(guān)首都經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展重大戰(zhàn)略問題為主線，圍繞統(tǒng)籌首都科技智力資源的體制機(jī)制、促進(jìn)中國特色世界城市建設(shè)、“科技北京”發(fā)展建設(shè)、培育發(fā)展戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)、領(lǐng)軍人才培養(yǎng)與使用等重大戰(zhàn)略問題開展研究咨詢。
圍繞“將北京建設(shè)成為全國創(chuàng)新發(fā)展的核心引領(lǐng)區(qū)和具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心”的目標(biāo)，首科院立足于搭建一個(gè)服務(wù)于首都科技發(fā)展的“智庫”，凝聚和建設(shè)高端化、國際化科技戰(zhàn)略研究人才隊(duì)伍，開展科技發(fā)展戰(zhàn)略研究，為進(jìn)一步統(tǒng)籌首都科技資源，創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展，加快轉(zhuǎn)變首都經(jīng)濟(jì)發(fā)展方式、提升首都自主創(chuàng)新能力提供戰(zhàn)略決策支撐。
首科院積極探索“政產(chǎn)學(xué)研用”各方代表構(gòu)成的理事會制度，采取“小核心、大網(wǎng)絡(luò)”的組織方式，創(chuàng)新“開放、競爭、流動、協(xié)作”的運(yùn)行機(jī)制，建立符合國際慣例、具有首都特色的“智庫”管理制度，不斷完善治理結(jié)構(gòu)。并以首科院為載體，凝聚和建設(shè)高端化、國際化科技戰(zhàn)略研究人才隊(duì)伍，探索為頂尖領(lǐng)軍人才做好服務(wù)的體制機(jī)制，不斷完善相關(guān)政策，把首都建設(shè)成為世界人才高地。
“三個(gè)堅(jiān)持、三個(gè)共同”
首科院積極創(chuàng)新體制機(jī)制，不斷完善服務(wù)和利用首都科技智力資源的體制機(jī)制的做法：
一是堅(jiān)持需求引領(lǐng)、共同凝練課題。注重頂層設(shè)計(jì)，立足首都經(jīng)濟(jì)發(fā)展、社會建設(shè)和民生改善的重大需求，對接梳理研究需求，開放式設(shè)立研究課題；研究課題主要分為科技創(chuàng)新戰(zhàn)略研究、創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展研究兩大系列，其中科技創(chuàng)新戰(zhàn)略研究系列聚焦首都自主創(chuàng)新戰(zhàn)略、科技體制改革等宏觀問題，創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展研究系列聚焦科技對經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展的支撐引領(lǐng)作用以及培育戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)的政策措施和技術(shù)路徑等中觀、微觀問題。
二是堅(jiān)持專家特長、共同組織研究。注重獨(dú)立研究，立足領(lǐng)銜專家特長選擇研究課題，并結(jié)合穩(wěn)定支持、擇優(yōu)委托和定向征集等多種組織實(shí)施手段，共同組建研究團(tuán)隊(duì)，開展深入研究。
三是堅(jiān)持政府導(dǎo)向、共同產(chǎn)生成果。注重研究質(zhì)量，研究過程政府部門積極參與，互動交流，共同參與研究，共同產(chǎn)生成果，提高研究成果的針對性和有效性。
“小核心”撬動“大網(wǎng)絡(luò)”
在凝聚整合首都智力研究資源方面，首科院積極探索通過“小核心”撬動“大網(wǎng)絡(luò)”的聯(lián)盟式戰(zhàn)略研究的途徑，努力搭建成為與國家級研究咨詢機(jī)構(gòu)交流合作的重要紐帶。