1990年4月5日，“東突伊斯蘭黨”恐怖分子在新疆阿克陶縣巴仁鄉(xiāng)劫持10名人質(zhì)要挾政府，并在交通要道炸毀2輛汽車，殺害6名武警官兵。
1991年2月28日，“東突”恐怖組織在新疆阿克蘇地區(qū)庫(kù)車縣客運(yùn)站錄像廳制造爆炸案，造成1人死亡，13人受傷。同日，恐怖分子還在庫(kù)車縣城一商店內(nèi)安置了炸彈，爆炸未遂。
1992年2月5日，“伊斯蘭改革者黨”在烏魯木齊市52路、30路公共汽車上制造了兩起爆炸事件，兩輛公共汽車被炸毀，造成3人喪生、23人受傷。同時(shí)還在一影劇院和居民住宅樓中各安置了一枚定時(shí)炸彈，幸被及時(shí)發(fā)現(xiàn)排除。
1993年6月17日，“東土耳其斯坦民主伊斯蘭黨”在喀什市地區(qū)農(nóng)機(jī)公司辦公樓制造爆炸案，造成大樓坍塌，2人喪生、7人受傷；8月1日該組織又在喀什地區(qū)莎車縣外貿(mào)公司錄像廳制造爆炸案，造成15人受傷；8月19日在和田市文化宮制造爆炸案，造成6人受傷。
1993年8月24日，兩名“東突”恐怖分子將喀什地區(qū)葉城縣政協(xié)常委、大清真寺主持阿不力孜大毛拉刺成重傷。
1996年3月22日，2名恐怖分子槍殺阿克蘇地區(qū)新和縣伊協(xié)副主席、清真寺副主持阿克木司地克阿吉。
1996年4月29日凌晨，十余名全副武裝的恐怖分子闖入庫(kù)車縣阿拉哈格鄉(xiāng)庫(kù)納斯村，向全國(guó)政協(xié)委員、自治區(qū)人大代表卡吾力·托卡家投擲了2枚炸彈，致卡及其妻重傷，并將卡的弟弟、弟媳、兒子、兒媳殺死；該村村干部加如甫買買提明也被刺成重傷。
1996年5月12日，“東突”恐怖組織4名恐怖分子在全國(guó)伊斯蘭教協(xié)會(huì)常委、新疆政協(xié)副主席、喀什伊協(xié)主席阿榮汗阿吉和其兒子去艾提尕清真寺做禮拜的途中，對(duì)其進(jìn)行襲擊，阿和兒子均致重傷。
1996年7月，“東土耳其斯坦伊斯蘭正義黨”策劃沙雅縣監(jiān)獄暴動(dòng)，導(dǎo)致15人死亡。
1996年8月27日，6名恐怖分子襲擊葉城縣江格勒斯鄉(xiāng)政府，殺死副鄉(xiāng)長(zhǎng)和值班的警察；隨后又闖入該鄉(xiāng)一村，殺害3名治安員和1名水管員。
1997年2月5日至8日，“東突伊斯蘭真主黨”恐怖組織策劃、制造了伊寧騷亂事件，恐怖分子高喊“建立伊斯蘭王國(guó)”等口號(hào)，襲擊平民，搗毀商店，燒砸汽車，致使7人死亡，200多人受傷，30多輛車遭毀壞，多間民房被毀。
1997年2月25日， “東土耳其斯坦民族團(tuán)結(jié)聯(lián)盟”在烏魯木齊市2路、10路、44路公共汽車上制造爆炸，造成三輛公共汽車被炸毀，9人喪生、68人重傷。
1997年3月，境外“東突”恐怖分子開(kāi)槍襲擊中國(guó)駐土耳其使館，沖擊中國(guó)駐伊斯坦布爾總領(lǐng)館，焚燒中國(guó)總領(lǐng)館懸掛的國(guó)旗。
1997年3月23日，“東突”恐怖分子闖入阿克蘇地區(qū)金銀川墾區(qū)負(fù)責(zé)人艾買爾江家中，將艾買爾江夫婦兩人殺害。
1997年6月4日，4名“東突”恐怖分子闖入和田地區(qū)墨玉縣恰其克鄉(xiāng)荒地村干部買買提肉孜·買買提家，將其殺害。
1997年7月3日，“東突”恐怖分子闖入阿瓦提縣拜什力克鄉(xiāng)村干部吐?tīng)柕啬嵫雷渭抑校路驄D被殺身亡。
1997年11月6日，“東突”恐怖組織在全國(guó)和新疆伊協(xié)委員、阿克蘇伊協(xié)主席、拜城縣清真寺主持尤努斯·斯迪克大毛拉去清真寺做禮拜的途中，將其槍殺。
1998年1月27日，“東突”恐怖分子槍殺葉城縣政協(xié)常委、縣大清真寺主持阿不力孜阿吉。
1998年1月30日至2月18日，“東突解放組織”在喀什市制造了23起系列投毒案，致4人中毒，其中1人死亡，數(shù)以千計(jì)的牲畜中毒或死亡。
1998年2月22日至3月30日，“東突”恐怖組織在喀什地區(qū)葉城縣連續(xù)制造了6起系列爆炸案，造成3人受傷，天然氣輸送管道被炸壞引起大火，直接經(jīng)濟(jì)損失超過(guò)100萬(wàn)元。